专利侵权补偿制度是知识产权保护体系的核心环节，旨在弥补权利人因侵权行为所遭受的损失，并对故意侵权形成有效威慑。其法律基础主要根植于《中华人民共和国专利法》及相关司法解释，遵循“填平原则”与“惩罚性原则”相结合的理念，力求在恢复权利人市场地位与遏制侵权行为之间取得平衡。
根据现行法律，权利人可以主张的补偿主要涵盖三个方面：一是权利人的实际损失，二是侵权人的侵权获利，三是参照专利许可使用费的合理倍数。在实际损失难以精确计算时，权利人的实际损失与侵权人的侵权获利往往成为主要的计算路径。司法实践中，法院会综合考虑专利类型、侵权性质、情节、范围、持续时间以及权利人为制止侵权所支付的合理开支等因素。合理开支通常包括律师费、调查取证费和公证费等。
确定具体补偿数额是一个复杂的事实认定与法律适用过程。对于实际损失，法院会评估若无侵权行为发生，权利人在正常市场条件下可获得的利润份额。对于侵权获利，则侧重于审查侵权人因侵权直接获得的、扣除合理成本后的收益。若前述两种方式均难以确定，则可参照该专利许可使用费的合理倍数予以确定。对于恶意侵权且情节严重的情形，法院可依法适用惩罚性赔偿，即在根据上述方法确定数额的一倍以上五倍以下给予赔偿。
权利人主张补偿时，需承担相应的举证责任，包括证明自身权利的有效性、侵权事实的存在以及初步的损失或对方获利情况。在司法实践中，由于知识产权损害的无形性和证据掌握的偏在性，法院亦会根据案情适用证据妨碍规则，在侵权人无正当理由拒不提供相关账簿资料时，参考权利人的主张和证据判定赔偿数额。
当前司法实践呈现出加强对专利权保护的趋势，具体体现为在法定幅度内酌情提高赔偿数额、更广泛地支持合理开支诉求，以及对重复侵权、规模化侵权等行为更果断地适用惩罚性赔偿。这既是对创新成果的尊重，也是对市场公平竞争秩序的维护。
专利侵权补偿制度的有效运行，不仅关乎个案当事人的权益，更深层次地影响着社会的创新意愿与投资导向。一个能够精准计算损失、有力制裁恶意的补偿机制，是激励技术创新、优化营商环境不可或缺的法律基石。未来，随着技术形态与商业模式的持续演进，相关计算方法和司法裁量标准亦需在保持稳定性的基础上不断细化与发展，以应对新的挑战。